La historia de Gualán en la epoca de la colonia, comprendida entre los años 1524 y 1821, al igual que en todo el pais fue muy dura para los pueblos aborigenes. En Gualán la tribu nativa de lengua Nahuatl fue empujada a la extincion dejando muy pocas huellas de su existencia.

En este periodo Gualán adquire importancia por ser el punto donde el rio Motagua dejaba de ser navegable, constituyendose en punto de convergencia de mercancias y viajeros que iban hacia la capital.

Estas son algunas fechas importantes para Gualán en este periodo.

1551- Gualán pasa a formar parte del corregimiento de San Cristóbal Cazabastlán.

1753- La Capitanía General del Reino de Guatemala se subdivide en cuatro intendencias, dos corregimientos, y ocho alcaldias. Quedando Gualán incluida en el Corregimiento de Chiquimula.

1765- Se activa la falla del motagua provocando un terremoto en toda el area.

1821- (28 de mayo) Don Luis Hermosilla diputado a cortes de España por la provincia de Guatemala solicita formalmente en sesión extraordinaria ante el consejo de Indias que se le otorge a Gualán el título de Villa.

1821- (29 de junio) Las cortes de España conceden a Gualán el titulo de Villa.